
Après la victoire du SHIELD face aux Inhumains rebelles, Coulson et son agence doivent maintenant faire face à de nombreuses apparitions de nouveaux Inhumains. Par ailleurs, ils n'auront plus aucun soutien du gouvernement après les événements de Sokovie et la création d'une unité gouvernementale pour faire face à la menace des Inhumains. Mais HYDRA, toujours en activité, a décidé d'accomplir son objectif qui lui était destiné depuis longtemps : ramener un Inhumain particulier sur Terre pour que ce dernier domine le monde avec leur soutien. 2015

Après la victoire sur HYDRA et Alveus, et la signature des Accords de Sokovie, le SHIELD redevient une agence officielle de renseignement. Coulson a dû laisser son poste de directeur à Jeffrey Mace, qui a été nommé à la tête du SHIELD par le Président Ellis. L'agence doit faire face à l'apparition de spectres et doit travailler avec Ghost Rider pour contrer cette nouvelle menace. Parallèlement aux phénomènes paranormaux, une milice nommée les Watch Dogs se constitue dans le but de traquer et d'éliminer les Inhumains. 2016

L'agent Phil Coulson retourne au sein de l'organisation mondiale du maintien de l'ordre, le SHIELD (Strategic Homeland Intervention, Enforcement and Logistics Division - trad. litt. : Stratégie Habileté Intervention Exécution et Logistique Défensive). À la suite de l'apparition d'un héros inconnu disposant apparemment de capacités surhumaines, Coulson réunit alors une petite équipe d'agents, extrêmement bien entraînés, afin de s'attaquer aux affaires qui n'ont pas encore été classées ayant un trait à l'étrange et à l'inconnu, mais ils vont rapidement croiser le chemin de CENTIPEDE, une organisation terroriste internationale qui tente de créer un super soldat grâce aux progrès apportés par les rayons Gamma de Bruce Banner et le sérum de Captain America. Cependant, l'équipe va vite finir par se rendre compte que leurs anciens alliés se révéleront être des ennemis faisant partie d'une organisation qui était supposée vaincue durant la Seconde Guerre mondiale.... 2013

Ayant perdu une majeure partie des ses moyens logistiques et de ses agents suite à la révélation de son infiltration par le réseau terroriste Hydra, l'organisation mondiale du maintien de l'ordre, le SHIELD, a été dissoute et est considérée par l'opinion mondiale comme organisation terroriste. Pourtant l'agent Phil Coulson s'est vu confié la tâche par l'ex-directeur Fury de rebâtir le SHIELD. À partir d'une ancienne base secrète du SHIELD et avec l'aide des agents restés fidèles à l'organisation, il tente de reconstruire le SHIELD et de stopper Hydra, qui devient de plus en plus puissante, et ce, tout en opérant en totale clandestinité... 2014