
Reddington et l'unité spéciale du FBI continue la traque de Berlin, qui est parvenu à leur échapper. Berlin n'hésite pas à enlever l'ex-femme de Reddington pour pouvoir prendre contact avec lui. Berlin, de son vrai nom Milos Kirchoff, s'attaque à Reddington qui serait responsable de la mort de sa fille. Il s'avère en fait que la fille de Kirchoff est toujours vivante et que Kirchoff et Reddington ont été manipulés par le directeur adjoint de la National Intelligence et vieil connaissance de Red, Alan Fitch, qui est membre de la Cabale, une puissante organisation criminelle. Kirchoff tue Fitch en faisant exploser une bombe posée sur son cou avant d'être abattu par Reddington, dont Finch lui indique un coffre-fort et les personnes avec lequel il peut se rallier. L'unité spéciale voit l'arrivée de l'agent du Mossad Samar Navabi. Liz, quant à elle, divorce officiellement de Tom, présumé mort, et vit dans un hôtel. Lors de leurs régulières rencontres, Reddington comprend que la jeune femme cache quelque chose... 2014

Traquée par le FBI après avoir tuée Connolly et suite aux accusations d'attentats dont elle est innocente, Liz se retrouve contrainte à fuir avec Reddington, qui met tout en œuvre pour la disculper, quitte à se faire aider par moments par Ressler et l'unité spéciale. De son côté, Cooper fait appel aux services de Tom afin d'innocenter Liz et de se mettre sur la piste de Karakurt, le terroriste responsable des attentats. Parallèlement, la Cabale, notamment Kotsiopoulos et la Conseillère à la sécurité nationale Lauren Hitchin, font leur possible pour mettre pour neutraliser Liz, notamment en mettant Mathias Solomon, agent de la Cabale, sur sa piste. Après une longue traque, Liz est capturée par Ressler, qui est convaincu de l'innocence de son amie et partenaire après avoir découvert qu'Hitchin a assassinée la procureur Reven Wright. D'un côté, Reddington et l'unité spéciale et de l'autre, Tom et Cooper, mettent au point un plan pour laver Liz de tout soupçon. Tom est parvenu à capturer Karakurt et à le livrer à la justice, tandis que Ressler, venu l'aider, arrête Solomon, qui les avaient retrouvés. Reddington, quant à lui, piège Kotsiopoulos afin de contraindre Hitchin d'abandonner les charges. Hitchin accepte et demande à Reddington de se débarrasser Kotsipoulos... 2015

Sonnés après avoir appris que Liz est toujours vivante, Reddington et l'unité spéciale partent à sa recherche, après avoir été capturée avec Agnes par Alexander Kirk, qui affirme être son père et lui annonce être atteint d'une maladie sanguine. Liz est retrouvée et libérée par le FBI, mais Kirk s'est enfui avec Agnès. Avec Reddington, la jeune femme se met sur la piste de Kirk et apprend grâce à un test ADN qu'il est véritablement son père. Pour avoir trahi Reddington, Kaplan est grièvement blessée par ce dernier et laissée pour morte, avant d'être soignée par un homme vivant dans la forêt. Kirk se rend après que Reddington et Liz ait retrouvent sa trace. Liz récupère également son bébé. Aram, quant à lui, découvre que sa petite amie Janet (qu'il connaît sous le nom d'Elise) est une espionne et travaille pour Kirk. Alors que Kirk, hospitalisé après un malaise, doit subir une transfusion sanguine, Liz apprend par un autre test ADN qu'il n'est pas son père. Ce dernier s'évade et parvient à s'échapper après s'être confronté à Reddington, qui lui avoue qu'il est finalement le père de Liz. Peu après ces événements, Liz s'installe avec Tom et Agnes dans un appartement et tente de reprendre une vie normale. Reddington fait pression au Président élu des États-Unis Diaz, avec lequel il a conclu un accord, pour obtenir une grâce présidentielle pour Liz, ce qui lui permettrait de redevenir agent du FBI. Diaz accepte et accorde la grâce à Liz, qui retrouve ainsi son badge des mains de Cooper. Tom, quant à lui, tente de s'adapter à sa nouvelle vie... 2016

Raymond « Red » Reddington, l’un des fugitifs les plus recherchés par le FBI, se rend en personne au quartier général du FBI à Washington. Il affirme avoir les mêmes intérêts que le FBI : faire tomber des criminels dangereux et des terroristes. Reddington coopérera, mais insiste pour ne parler qu’à Elizabeth Keen, une profileuse inexpérimentée du FBI. Keen s’interroge sur l’intérêt soudain que Reddington lui porte, bien qu’il soutienne que Keen est très spéciale. Après que le FBI a fait tomber un terroriste sur lequel il a fourni des informations, Reddington révèle que ce terroriste n’est que le premier de beaucoup d’autres à venir : durant les deux dernières décennies, il a fait une liste des criminels et terroristes qu'il croit introuvable par le FBI parce que ce dernier ignorait leur existence et que ce sont les plus importants. Reddington l’appelle « La Liste noire » (« The Blacklist »). 2013